对转基因产品进行标识，是为了保护消费者的知情权和选择权。转基因产品是否安全是通过安全评价得出的，即获得安全证书的转基因产品是安全的。因此，转基因产品的标识与安全性无关。
我国对转基因产品实行按目录定性强制标识制度。2002年，农业部发布了《农业转基因生物标识管理办法》，制定了标识目录，对在国内销售的大豆、油菜、玉米、棉花、番茄5类17种转基因产品，进行定性强制标识，未标识和不按规定标识的，不得进口或销售。自标识目录发布至今，我国批准种植的转基因作物仅有棉花和番木瓜，批准进口用作加工原料的有大豆、玉米、棉花、油菜、甜菜和番木瓜6种作物，然而对哪些产品进行标识，是根据标识的可能性、可操作性、经济成本、监管可行性等多种因素综合考虑确定的。如转基因木瓜未列入我国首批标识目录，主要是因为目前我国农民小规模分散种植的木瓜仍占较高比例，农民直接到农贸市场销售，这样很难做到对所有木瓜进行标识，标识的成本很高。当前，国际上还没有任何一个国家对所有的转基因产品进行标识。
消费者可以通过转基因标识来识别、选择是否要购买转基因产品。我国市场上常见的转基因食品，如转基因大豆油、菜籽油，均被要求标注“加工原料是转基因大豆/油菜籽”等字样，消费者可以根据自己的意愿自由选择。以前市场上常有标注“非转基因”字样的花生油等，事实上国外和我国市场上根本没有转基因花生。2018年，国家市场监管总局、农业农村部、国家卫健委三部门联合发布公告，明确对市场上没有转基因同类产品的食用植物油不得标注“非转基因”。